Génome de Plasmodium falciparum : les chercheurs de l’Institut Pasteur renforcent leurs capacités
L’Institut Pasteur de Côte
d’Ivoire (IPCI) a organisé du 28 novembre au 02 décembre 2022, à la salle de
conférence dudit institut à Cocody, le premier cours international sur
l’épidémiologie génomique de Plasmodium falciparum en Côte d’Ivoire, à
l’attention d'une trentaine de participants (Chercheurs,
d’enseignants-chercheurs, et d’étudiants.)
Fidèle à sa référence d’être un
centre d’excellence en matière de recherche en santé humaine, animale et
environnementale, l’IPCI a su convaincre l’académie Next Generation Sequencing
( NGS) d’ Africa Central Disease Control
(CDC) de mobiliser ses spécialistes en la matière pour donner le premier cours
du genre à l’IPCI à travers des cours théoriques et pratiques.
Durant ces cinq jours, les
participants auront un enseignement sur l’introduction à l’épidémiologie du
paludisme, sur l’utilisation des offres de formation en ligne qui existe sur la
génomique des populations de plasmodium falciparum disponible au niveau des
sites web de l’Academie NGS du Pathogen
Genomic Initiative (PGI), les différentes approches en matière de recherche sur
les questions d’épidémiologies du paludisme , à l’introduction à la
programmation sous Linux, à l’apprentissage du langage BASH, à l’introduction à
la bioinformatique / NGS, à biostatistique à l’aide de R et à la Biosûreté/ biosécurité.
L’ouverture de la formation s’est
effectuée ce lundi 28 novembre 2022, en présence de la Directrice de l’Institut
pasteur, Professeur. Mireille DOSSO
accompagné de ses plus proches collaborateurs et soutenu par le doyen de l’UFR
Biosciences de l’Université Félix Houphouët-Boigny, Professeur ESSETCHI Paul.
Elle a souhaité la bienvenue à
cette délégation africaine composée de Camerounais, de Ghanéen, Sénégalais et
Sud-Africain, venue dispenser le cours. La directrice a précisé que c’est la
première série de formations dispensées par l’Academie NGS du PGI sur la
bioinformatique et en affirmant que c’est le début d’une longue collaboration.
Cette première journée de cours a
été présidée par le Professeur DJAMAN A. Joseph, Chef du Département Biochimie
Médicale et Fondamentale à l’Institut Pasteur lui a situé les enjeux de ce
cours pour l’avenir de l’institut.
« Les biologistes génèrent une
quantité croissante de nouvelles données portant sur les génomes, les
biomolécules, les organismes, leurs interactions et leur évolution. Il y a un
besoin croissant d’approches informatiques pour la manipulation, le stockage,
la visualisation et l’analyse de ces données souvent très complexes » a-t-il
souligné et d’ajouter : « il y a donc place à la matière de former des
compétences nouvelles dans le domaine de la bioinformatique appliquée, la
bioinformatique médicale, le génie bioinformatique et la bioinformatique
théorique ».
Le coordonnateur de
l’organisation de la formation , Dr Tony LI, coordonnateur de H3ABioNet,
organisateur principal accompagnant le Professeur Alfred Amangua NGWA, un des
spécialiste mondiaux de génomique des populations de P. falciparum base au
Malaria Research Council (MRC), a Fajara (Gambie) ; Dr Archibald KWAME,
administrateur de serveur et bioinformaticien au MRC Gambie ; Dr Lucas AMENGHA,
spécialiste de génétique des populations de P. falciparum et M. Mouhamadou
DIOP, bioinformaticien au MRC Gambie
Le coordinateur a tenu à
remercier les autorités ivoiriennes et particulièrement les dirigeants de
l’Institut Pasteur et a souhaité travailler en étroite collaboration avec
l’Institut pasteur de Côte d’Ivoire pour pouvoir développer plusieurs modules
de la génomique, pouvoir former, soutenir et faire le renforcement de capacités
des chercheurs.
Pour le formateur, Prof Alfred
Amangua NGWA, cette première formation se fonde sur un cours basique pour
comprendre les structures des données, les différents outils utilisés pour
analyser les données, formuler des questions et générer des intérêts, afin de
donner aux participants les différentes méthodes utiles pour analyser les
données génomiques.
« L’existence de nouvelles
technologies d’analyse de données doit passer par l’utilisation des schémas
informatiques spéciaux pour arriver à des solutions, à des résultats de
plusieurs questions scientifiques qui sont importants pour nos recherches. »
a-t-il précisé.
Il va s’ensuivre une seconde
formation web labo qui consiste à un travail de laboratoire avec d’autres
partenaires en Afrique de l’Est et une troisième formation encore plus profonde
et un peu plus complexe.
Quant à Dr Archibald KWAME et M.
Mouhamadou DIOP, ils ont dispensé les cours pratiques sur l’utilisation du système
linux dans le traitement de données et ont montré l’importance de l’utilisation
de GIT et GIT HUB, deux outils de sauvegarde des documents et pouvant être
utilisé dans le travail collaboratif.
« Je remercie l’Institut Pasteur
pour avoir initié cette formation. Elle nous apporte les rudiments, les outils
nécessaires aux traitements de nos données de terrain. Le logiciel R et le
système Linux après cette formation, ces logiciels n’auront plus de secret pour
nous dans leur utilisation pour l’exploitation des données de terrains. Je
ferai bénéficier à mes collègues enseignants et mes étudiants les retombées de
cette formation », a déclaré Dr GBOTTO Ahou Anique, enseignant-chercheur au
département génétique de l’université Jean Lorougnon Guede de Daloa.
KOUADJANE Gnagoran Agnès Émilie,
Doctorante à l’Institut National Polytechnique Houphouët-Boigny et stagiaire à
l’unité de pôle de biologie de l’immunité de l’Institut pasteur a souligné que
cette formation de bio-informatique est un atout pour son travail de recherche
qui porte sur la conception d’un test de diagnostic et évaluation de certaines
substances naturelles à action locale pour réduire la prolifération des
acariens. Elle s’est dite heureuse de participer à cette formation.
Notons que l’objectif visé par l’IPCI est de devenir un centre d’excellence en bioinformatique et de biocomputationel. Depuis 16 ans, l'IPCI héberge vingt centres nationaux de référence donc celui de surveillance de la chimiorésistance de Plasmoduim falciparum.
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